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バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト

@Bio_stations

バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！

 Molecular biology
profu.link/u/biostation
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ポッドキャスト新エピソードです！ 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました open.spotify.com/episode/60o…
#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast · Episode

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リボソームを分解に導くEat-meシグナル ヒストンメチル基転移酵素として知られてきた酵素Dot1が、細胞質でリボソームのサブユニットをメチル化し、選択的オートファジーを誘導することを発見。ストレス応答から寿命まで関連 ヒストン修飾酵素がそんなところにも！ cell.com/molecular-cell/full…
Dot1 triggers a conserved ribophagy signal to govern ribosome quality and longevity by methylating...

Dot1 triggers a conserved ribophagy signal to govern ribosome quality and longevity by methylating...

Chen et al. show Dot1-mediated Rpl12 methylation as a conserved autophagic “eat-me” signal that directs selective ribosome degradation. By coupling nutrient sensing to ribosome quality control, this...

cell.com
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ペルキオキシソームの新規単離法 ペルキオキシソーム膜タンパク質の相互作用因子の同定から、ペルを高純度に回収する新手法PerCapを開発。新たなペル局在タンパク質や形態制御因子の同定、さらに組織特異的なペルタンパク質の比較を実現 面白そうです！ nature.com/articles/s41589-0…
PerCap isolates native peroxisomes to reveal peroxisomal proteins and regulators

PerCap isolates native peroxisomes to reveal peroxisomal proteins and regulators

Nature Chemical Biology - Peroxisomes are organelles with remarkable functional diversity across species and tissues. A peroxisome capture method to enrich native peroxisomes from human cells and...

nature.com
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マイクロエクソンと疾患 単一細胞RNA-seqなどを用いることで、3~27塩基の短いエクソン(マイクロエクソン)を新たに1000種以上発見。タンパク質の構造やmRNAの安定性に影響。さらに自閉症と関連が見られるらしい nature.com/articles/s41586-0…
A microexon regulatory code reveals autism-linked genetic variation

A microexon regulatory code reveals autism-linked genetic variation

Nature - A regulatory sequence code for neuronal microexons reveals genetic variants predicted to alter their splicing in individuals with autism.

nature.com
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フレームシフトを狙ったがん治療へ 多くのがん細胞において特定のコドンで-1のフレームシフトを起こす確率が高いことを発見。その機構に迫るとともに、逆にこれを利用することでがん細胞を選択的に細胞死させる合成治療回路を開発 nature.com/articles/s41586-0…

Cancer-selective gene circuits via intrinsic ribosomal frameshifting

Nature - Codon-pair-dependent ribosomal frameshifting is a feature of translational dysregulation in cancer cells.

nature.com
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タンパク質間相互作用の制御因子を網羅的に探索 DNAとタンパク質を結合させ、タンパク質の相互作用がDNAの構造変化に対応するような系をハイスループット化。低分子ライブラリから、実際にタンパク質間相互作用を促進する候補分子を発見 面白い系です、！ science.org/doi/10.1126/scie…
Discovering molecular modulators with nanoswitch screening

Discovering molecular modulators with nanoswitch screening

Molecules that modulate protein-protein interactions, including through ternary complex formation, have been established as key therapeutics. Yet they can be challenging to discover, as standard...

science.org
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小型の近接標識システム わずか6アミノ酸のテトラシステインタグとFlAsH光触媒を組み合わせることで、微小なタンパク質の相互作用を検出することに成功。哺乳類のミトコンドリア膜間に局在する微小タンパク質RP11-469Aの機能を明らかに nature.com/articles/s41467-0…

Decoding microprotein interactome via a minimal genetically encoded photocatalytic proximity...

Nature Communications - Shi, Yan, and colleagues present FlashID, an ultra-compact light-activated proximity-labeling system that maps microprotein interactions with minimal perturbation across...

nature.com
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大規模なタンパク質収量測定と予測 約4万種類のタンパク質について、 大腸菌で発現・精製した際の単量体収量を大規模に測定し、そのデータを使ってアミノ酸配列から収量を予測するAIモデルを開発。人工タンパク質の選別精度の向上を実現 biorxiv.org/content/10.64898…
Massively parallel quantification and prediction of monomeric protein yield in Escherichia coli

Massively parallel quantification and prediction of monomeric protein yield in Escherichia coli

Obtaining sufficient quantities of purified proteins in their intended molecular states is essential for biological research and protein engineering. Advances in computational protein design have...

biorxiv.org
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バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト retweeted
Kotaro Tsuboyama (@KotaroTsuboyama) profile picture
Kotaro Tsuboyama@KotaroTsuboyamaNov 5
We can now design all kinds of fancy de novo proteins. But can we produce them at scale, at a reasonable cost, and without extensive optimization? That’s what got this project started. Our preprint is now out! Much of the work was led by Selena @sesameandrea  and Kaori. 1/8
Image from Kotaro Tsuboyama (@KotaroTsuboyama)
Selena Setsu (@sesameandrea) profile pictureSelena Setsu@sesameandreaNov 4
Our preprint is out on bioRxiv! We measured monomeric protein yield in E. coli at scale and built predictors to help guide protein design. Huge thanks to all my co-authors and collaborators! 1/6 biorxiv.org/content/10.64898…
Massively parallel quantification and prediction of monomeric protein yield in Escherichia coli

Massively parallel quantification and prediction of monomeric protein yield in Escherichia coli

Obtaining sufficient quantities of purified proteins in their intended molecular states is essential for biological research and protein engineering. Advances in computational protein design have...

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タンパク質分解を活性化する治療に向けて E3ユビキチンリガーゼを低分子で活性化する刺激性タンパク質分解(SPD)という新たなアイデアを提案。酵素の基質認識部位を塞ぐ阻害タンパク質を選択的に排除することでタンパク質分解を促進。神経疾患の異常を改善 science.org/doi/10.1126/scie…
Stimulated protein degradation to promote mitochondrial function and neuronal survival

Stimulated protein degradation to promote mitochondrial function and neuronal survival

Targeted protein degradation is a promising modality to treat cancer or inflammation, but whether it can provide a similar benefit for disorders caused by pervasive protein dysregulation is unclear....

science.org
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タンパク質の構造が記憶を制御 バエの長期記憶を支えるOrb2タンパク質が、老化に伴って機能のない構造へと変化することを発見。シャペロンの発現操作により若い状態へとタンパク質構造を変化させることで高齢ハエの記憶力が改善 cell.com/cell/fulltext/S0092…
Age-dependent structural evolution of a functional amyloid contributes to memory impairment in...

Age-dependent structural evolution of a functional amyloid contributes to memory impairment in...

In the aging Drosophila brain, Orb2 amyloids required for long-term memory undergo structural remodeling, shifting from translation-promoting assemblies to destabilization-resistant, translation-de...

cell.com
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膜タンパク質の複合体形成 膜タンパク質が小胞体の脂質二重層で複合体へと組み上げられる過程に、小胞体膜タンパク質複合体が持つシャペロン活性が重要であることを発見。シャペロン活性の阻害により心筋細胞の収縮機能が低下するとか nature.com/articles/s41594-0…
EMC chaperone activity is required for cotranslational calcium channel assembly

EMC chaperone activity is required for cotranslational calcium channel assembly

Nature Structural & Molecular Biology - Stanton et al. show that the human endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) engages nascent calcium channels cotranslationally as a chaperone...

nature.com
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骨への刺激が寿命を伸ばす マウスの系で、骨への機械的な刺激により健康寿命と寿命が延長することを発見。骨由来の分泌因子が複数の臓器で細胞老化を抑制。さらに重要な因子の同定にも成功し、運動模倣薬への期待も cell.com/cell-metabolism/ful…
Dynamic force sensing by bone delays aging and extends lifespan

Dynamic force sensing by bone delays aging and extends lifespan

Bai et al. show that bone acts as a dynamic force sensor that systemically delays aging and extends lifespan. This work reveals a bone-derived mechanism linking mechanical sensing to organismal...

cell.com
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遺伝子発現を記録する人工オルガネラ 非破壊的に過去の遺伝子発現を記録するツールとして人工オルガネラ"Recordanelles"を設計。ミトコン膜アンカー、凝縮体アセンブラ、およびRNA結合ドメインの融合。単一細胞レベルで遺伝子発現の履歴を解析できる nature.com/articles/s41587-0…
Recordanelles for transcriptome-wide single-cell RNA recording in human cells

Recordanelles for transcriptome-wide single-cell RNA recording in human cells

Nature Biotechnology - Recordanelles continuously and unbiasedly record the transcriptome throughout time in living mammalian cells.

nature.com
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神経由来の細胞外小胞の単離に向けて 細胞外小胞を分離する新規の手法を確立。遺伝子発現データなどと組み合わせることで、神経の細胞種特異的な細胞外小胞マーカーを探索。生検せずに脳の状態を知る診断手法などへの応用に期待 nature.com/articles/s41593-0…
Identification of candidate markers for the isolation of neuron-specific extracellular vesicles

Identification of candidate markers for the isolation of neuron-specific extracellular vesicles

Nature Neuroscience - The authors developed methods to identify extracellular vesicles (EVs) in the blood that come from the brain by capturing EV surface proteins. This could be used in the future...

nature.com
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ミトコンドリアのストレス応答 細胞がストレスを受けた時、変性したタンパク質だけをピンポイントで凝集・隔離する仕組みを発見(凝集体をSIMPAと命名)。さらに、ERとミトコンのコンタクトを制御によってこの凝集体の除去が行われるとか nature.com/articles/s41586-0…
GRP75-dependent SIMPA mediates inter-organellar quality control

GRP75-dependent SIMPA mediates inter-organellar quality control

Nature - Proteotoxic stress drives formation of GRP75-dependent protein aggregates that signal through mitochondria–ER contact sites to activate targeted quality-control pathways, enabling...

nature.com
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予約投稿のamとpmを間違えてしまいました！ また、管理人が休暇のため論文紹介はしばらく不定期になるかもしれません！
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生体分子設計の新たなスタンダード"RF Diffusion4" 推論モデルを改良し、アミノ酸、糖類、DNA、RNAなど多様な化学成分を標的とするde novoタンパク質を設計できるツールを開発。リン酸化結合タンパク質や、Ca依存的結合、種/パラログ間の識別なども可能に rfd4-proteina.org/
RFD4-Proteina

RFD4-Proteina

Biomolecular design through latent reasoning with RFD4-Proteina.

rfd4-proteina.org
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低温が寿命を延ばすメカニズム 筋肉で作られる代謝物が、離れた組織のタンパク質凝集を抑え個体の寿命を延ばすことを報告。比較的安定で輸送可能な補酵素前駆体を、各組織が活性型の補酵素に変換して利用するらしい。主に線虫の系で、ヒト細胞でも病的タンパク質凝集を抑制 nature.com/articles/s41586-0…
Cold activates a BH2 metabolic network promoting longevity and proteostasis

Cold activates a BH2 metabolic network promoting longevity and proteostasis

Nature - A multi-tissue signalling system links cold temperature to enhanced longevity and proteostasis in Caenorhabditis elegans.

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ミトコンドリアが核の若返りを助ける 酵母の配偶子形成において、老化関連因子を次世代へ持ち込ませない核の品質管理にミトコンドリアが重要であることを発見。Tom70がミトコンと核膜の接触を作り、核膜孔複合体を隔離するらしい nature.com/articles/s41467-0…

Tom70–mediated mitochondria–nuclear envelope contacts regulate nuclear pore complex inheritance...

Nature Communications - Mitochondrial-nuclear envelope membrane contacts are established during budding yeast meiosis. This contact is driven by a tether pair consisting of meiosis-specific Cnm1...

nature.com
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自然言語でタンパク質をデザイン 手動による構造制約や事前の最適化を必要とせず、どのようなタンパク質が欲しいか入力するだけでタンパク質がデザインできるらしい。蛍光タンパク質や酵素としての生化学的機能の検証にも成功 時代の進歩、、 nature.com/articles/s41586-0…
Programmable design of functional proteins from natural language

Programmable design of functional proteins from natural language

Nature - Pinal, a 16-billion-parameter artificial intelligence model, designs functional proteins from natural-language descriptions, demonstrating experimentally validated activities and improved...

nature.com
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