このpodcastは、さまざまな形で分子デザインに携わるメンバーが、分子デザインについてゆるく語りつつ情報発信する番組です。タンパク質デザインや核酸 (DNA/RNA)デザインが主なトピックです。 https://xitter.gq/t.co/exoA73iawc
Joined March 2024
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分子デザインはじめました (Podcast) retweeted
今回から、ハンズオンの動画を Youtube でも公開しています！ぜひチャンネル登録をお願いします！
Youtube チャンネル「分子デザインはじめました」
youtube.com/channel/UCuDtDoN…
Ep26-3: [Hands-on] Proteina Complexa tutorial
youtube.com/watch?v=b9cXLQNn…
分子デザインはじめました (Podcast) retweeted
Podcast #分子デザインはじめました、Apple Podcasts にも対応し、Spotify、Apple Podcasts、Pocket Casts、Overcast など各種アプリでお聴きいただけます！
各種デザイン手法、論文、実験機器などへのリンクは show note から。気になるところからのご視聴に、チャプターもご利用ください！
分子デザインはじめました (Podcast) retweeted
【📢お知らせ📢】
Podcast「#分子デザインはじめました」のホームページを公開しました🎉
・エピソードごとにPodcast、YouTube、ショーノートを1ページに集約
・トップのキーワード検索で気になるエピソードを検索できます
聴きたい形式で、聴きたい回からぜひ！
▶︎ sites.google.com/view/podcas…
分子デザインはじめました (Podcast) retweeted
Podcast #分子デザインはじめました の最新回は、自己紹介/キャリア雑談回でした。研究室決めのトランプで7分の1を引き当てた話や、進学先をとても悩んだ頃のことを話しました。研究を志すきっかけもタイミングも三者三様で、楽しくも勉強になる収録でした！
Ep 27-1: The Card Drawn を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
今回は、キャリア雑談回（全４回）の１話目です。
岡本、本田、松林が遅ればせながらの自己紹介を兼ねて、これまでの研究のキャリアや decision make について話しました。
@Okamoto_Yasu_CH @akg_entrance @Matsubayashi_J
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新しいエピソードです！
3年目にしてまさかの自己紹介回 (全4回)です笑
第1回は就活・博士課程進学をどうやって決めたのかについて、かなりぶっちゃけております！
Ep 27-1: The Card Drawn を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
今回は、キャリア雑談回（全４回）の１話目です。
岡本、本田、松林が遅ればせながらの自己紹介を兼ねて、これまでの研究のキャリアや decision make について話しました。
@Okamoto_Yasu_CH @akg_entrance @Matsubayashi_J
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こちらのProteína-Complexa、南慎太朗さん@shintaro_minami が手軽に試せるColab notebook版を公開され、私たちのPodcastでそのチュートリアルを配信しましたので、気になった方はぜひ！
ちなみに構造と配列の同時生成は「co-design = コデザイン」がより正確な表記ですね！
xitter.gq/Biomol_Design/status/2…
Nvidiaのタンパク質デザインツール
構造とアミノ酸配列を同時生成する「コードデザイン」と、最適な候補を絞り込む「潜在生成検索」を組み合わせたNvidiaのProteína-Complexa実証論文。これまで困難だった糖鎖などの標的に対するバインダー生成などを可能に
biorxiv.org/content/10.64898…
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南さんインタビュー後半です！
AIエージェントを使ったデザインプロジェクト管理のTipsやデザイン手法開発の今後について話しました！
Ep 26-2: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale" を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
南慎太朗さん @shintaro_minami インタビュー回後編です！前編に続き、AIエージェント、スキル、MCP、プロジェクト管理、構造予測モデルの展望などについて伺いました。
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南さんインタビュー後編！！Claude codeで設計ツールなどを作っていた最中の収録でとても勉強になりました！！Obsidianはまだ手が出せていません。(その後、Claude codeを回していたデスクトップPCが2台同じエラーで壊れるという…。)
Ep 26-2: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale" を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
南慎太朗さん @shintaro_minami インタビュー回後編です！前編に続き、AIエージェント、スキル、MCP、プロジェクト管理、構造予測モデルの展望などについて伺いました。
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Podcast #分子デザインはじめました、南さんインタビュー回の後編がリリースになりました！
バインダーのリデザインの話から、構造予測モデルの今後、タンパク質の配列・構造・機能の関係、構造をとらないタンパク質の扱いなど、情報と物質の狭間のお話が大変勉強になりました！
Ep 26-2: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale" を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
南慎太朗さん @shintaro_minami インタビュー回後編です！前編に続き、AIエージェント、スキル、MCP、プロジェクト管理、構造予測モデルの展望などについて伺いました。
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Podcast で南慎太朗さんにインタビューさせていただきました！
最新のタンパク質デザイン手法やクラウドコンピューティングの活用、バイオスタートアップでの働き方や、３年分を１ヶ月でというスピード感などなど、大変勉強させていただきました！
近日公開予定の後編もぜひ！
Ep 26-1: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale" を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
南慎太朗さん @shintaro_minami をゲストに、米国スタートアップでのタンパク質デザイン、最新のデザインツール、vibe coding や cloud computing について伺いました。
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De novoタンパク質デザインによる創薬の最前線で活躍されている南さんにお話伺いました！
気になる最新デザイン関連手法や、新しい手法を取り入れる時どうしているかなど、実践的な内容も盛りだくさんの回になっております！
Ep 26-1: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale" を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
南慎太朗さん @shintaro_minami をゲストに、米国スタートアップでのタンパク質デザイン、最新のデザインツール、vibe coding や cloud computing について伺いました。
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ちょっと期間が空いてしまいましたが、新エピソードです！tips紹介は、既存製品とかとのconflictもあるので、カットの判断が難しかったです笑
この回の後からClaude codeを使い始めて、独自？の設計パイプラインを考えて実行したりしています。電子実験ノートも自作したので、どこかでお話しできれば。
Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
科学大の浜田さんをゲストMCに迎え、DNAゲル分子ロボのデザインに関する最新の成果についてご紹介いただきました。また、podcast 初の試みとして、分子デザインを検証する際の Wet lab の Tips について話しました。
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Podcast #分子デザインはじめました、今回のエピソードで、2年続けることができました！聞いてくださる方と、出演いただいたゲストの皆様に感謝🙇♂️
今回は実験 tips！時流は、自動化・並列化・アウトソースだなぁと思う回でした。
Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips を公開しました！
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科学大の浜田さんをゲストMCに迎え、DNAゲル分子ロボのデザインに関する最新の成果についてご紹介いただきました。また、podcast 初の試みとして、分子デザインを検証する際の Wet lab の Tips について話しました。
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新エピソードです！
ついに私イチオシのRaininのマルチチャネルピペットを紹介する機会がやってきました笑
デザインを実験室で評価する際のTipsはまだまだありそうなので今後も定期的にやっていきたいですね！
Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips を公開しました！
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科学大の浜田さんをゲストMCに迎え、DNAゲル分子ロボのデザインに関する最新の成果についてご紹介いただきました。また、podcast 初の試みとして、分子デザインを検証する際の Wet lab の Tips について話しました。
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本podcastも3年目突入！そんな今回のゲストは以前からお声がけしていた@NaohiroTerasakaさん！
あらためて分子進化の強力さを再認識しました。独自の進化技術を確立した寺坂ラボの今後に要注目です！Don’t think (too much) but evolve it!
Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!” を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
科学大の寺坂尚紘さん @NaohiroTerasaka に、RNA研究から始まったキャリア、HFSPでのスイス留学、タンパク質進化分子工学、独立後の in vitro 進化系の技術開発などを伺いました。
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Podcast で寺坂さん @NaohiroTerasaka にインタビューさせていただきました！
古細菌 tRNA 修飾、ribosome改変、人工キャプシドの開発、PUREfrex とマイクロ流路を使った in vitro 進化系などの研究はもちろん、独立を見据えたテーマ選びや独自技術の確立など、大変勉強させていただきました！
Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!” を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
科学大の寺坂尚紘さん @NaohiroTerasaka に、RNA研究から始まったキャリア、HFSPでのスイス留学、タンパク質進化分子工学、独立後の in vitro 進化系の技術開発などを伺いました。
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楽しくしゃべりすぎて長くなってしまいましたが、お時間ある時に聞いていただけますと嬉しいです！あらためて自分の研究キャリアを振り返ることで、今後の研究方針も明確になった気がします。@Okamoto_Yasu_CH @akg_entrance @Matsubayashi_J ありがとうございました！
Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!” を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
科学大の寺坂尚紘さん @NaohiroTerasaka に、RNA研究から始まったキャリア、HFSPでのスイス留学、タンパク質進化分子工学、独立後の in vitro 進化系の技術開発などを伺いました。
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新エピソードです！
分子デザインと相補的な技術である進化分子工学について、寺坂さん@NaohiroTerasaka にリアルな話を伺いました！分子進化を加速するComputationalなツールについても話しています
Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!” を公開しました！
open.spotify.com/show/1QHT8n…
科学大の寺坂尚紘さん @NaohiroTerasaka に、RNA研究から始まったキャリア、HFSPでのスイス留学、タンパク質進化分子工学、独立後の in vitro 進化系の技術開発などを伺いました。
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Podcastで、ジーンフロンティアの金森さんにインタビューさせていただきました。
PUREfrex の特徴、使い方、AI時代への展望のほか、翻訳効率を上げる配列設計、Triton-X 114 を使った精製、市販の特級試薬に残存の金属などなど、技術の裏側や実験 tips の数々を教えていただきました！
Ep 22: [Interview] Takashi Kanamori (GeneFrontier. Corp.) “The Making of PURE” を公開しました。
open.spotify.com/show/1QHT8n…
ジーンフロンティア（株）の金森崇さんに、無細胞翻訳系 PUREfrex 開発の裏側、タンパク質合成のさまざまな tips、AI時代への展望などについて伺いました。